iPlant Collaborative - iPlant Collaborative

Cyverse (anteriormente iPlant Collaborative)
IPlant colaborative logo.jpg
Tipo de site
 Suporte científico
Disponível em inglês
URL cyverse .org
Comercial Não
Lançado 2008

O iPlant Collaborative , renomeado Cyverse em 2017, é uma organização virtual criada por um acordo cooperativo financiado pela US National Science Foundation (NSF) para criar ciberinfraestrutura para as ciências das plantas ( botânica ). A NSF comparou a ciberinfraestrutura com a infraestrutura física , "... o computador distribuído , as tecnologias de informação e comunicação combinadas com o pessoal e componentes de integração que fornecem uma plataforma de longo prazo para capacitar o esforço de pesquisa científica moderna". Em setembro de 2013, foi anunciado que a National Science Foundation havia renovado o financiamento do iPlant para um segundo mandato de 5 anos com uma expansão do escopo para todas as pesquisas em ciências da vida não-humana.

O projeto desenvolve sistemas e softwares de computação que combinam recursos computacionais, como os do TeraGrid , e softwares de bioinformática e biologia computacional . Seu objetivo é facilitar a colaboração entre pesquisadores com acesso aprimorado aos dados e eficiência de processamento. Centrado principalmente nos Estados Unidos, colabora internacionalmente.

História

A biologia depende cada vez mais dos computadores. A biologia vegetal está mudando com o surgimento de novas tecnologias. Com o advento da bioinformática , biologia computacional , sequenciamento de DNA , sistemas de informações geográficas e outros computadores podem ajudar muito os pesquisadores que estudam a vida das plantas em busca de soluções para desafios na medicina , biocombustíveis , biodiversidade , agricultura e problemas como tolerância à seca , melhoramento de plantas e sustentabilidade agricultura . Muitos desses problemas cruzam as disciplinas tradicionais e é necessário facilitar a colaboração entre cientistas de plantas de diversas origens e especialidades.

Em 2006, a NSF solicitou propostas para criar "um novo tipo de organização - uma ciberinfraestrutura colaborativa para a ciência de plantas" com um programa intitulado "Plant Science Cyberinfrastructure Collaborative" (PSCIC) com Christopher Greer como diretor do programa. Uma proposta foi aceita (adotando a convenção de usar a palavra "Colaborativa" como substantivo) e o iPlant foi oficialmente criado em 1º de fevereiro de 2008. O financiamento foi estimado em US $ 10 milhões por ano durante cinco anos.

Richard Jorgensen liderou a equipe no estágio de proposta e foi o investigador principal (PI) de 2008 a 2009. Gregory Andrews, Vicki Chandler, Sudha Ram e Lincoln Stein atuaram como Co-Investigadores Principais (Co-PIs) de 2008 a 2009. Em no final de 2009, Stephen Goff foi nomeado PI e Daniel Stanzione foi adicionado como Co-PI. Em maio de 2014, o Co-PI Stanzione foi substituído por 4 novos Co-PIs: Doreen Ware em Cold Spring Harbor, Nirav Merchant e Eric Lyons na Universidade do Arizona e Matthew Vaughn no Texas Advanced Computing Center.

O projeto iPlant apóia o que tem sido chamado de e-Ciência , que é um uso de tecnologia de sistemas de informação que está sendo adotado pela comunidade de pesquisa em esforços como o Centro Nacional de Análise e Síntese Ecológica (NCEAS), ELIXIR e a Tecnologia do Bambu Projeto que começou em setembro de 2010. iPlant é "projetado para criar a base para apoiar as necessidades computacionais da comunidade de pesquisa e facilitar o progresso em direção às soluções dos principais problemas em biologia vegetal."

O projeto funciona como uma colaboração . Ele busca contribuições da comunidade científica de plantas mais ampla sobre o que construir. Com base nessa entrada, permitiu o uso mais fácil de grandes conjuntos de dados, criou um ambiente de pesquisa dirigido pela comunidade para compartilhar coleções de dados existentes dentro de uma área de pesquisa e entre áreas de pesquisa e compartilha dados com rastreamento de proveniência . Um modelo estudado para colaboração foi a Wikipedia .

Vários prêmios mais recentes da National Science Foundation mencionaram o iPlant explicitamente em suas descrições, como um padrão de design a seguir ou um colaborador com quem o destinatário trabalhará.

Instituições

A principal instituição para o projeto iPlant é a University of Arizona , localizada dentro do BIO5 Institute em Tucson . Desde a sua criação em 2008, os funcionários trabalharam em outras instituições, incluindo Cold Spring Harbor Laboratory , University of North Carolina, Wilmington e University of Texas at Austin no Texas Advanced Computing Center . Purdue University e Arizona State University faziam parte do grupo do projeto original.

Outras instituições colaboradoras que receberam apoio do iPlant para seu trabalho em um Grande Desafio em filogenética a partir de março de 2009 incluíram a Universidade de Yale , a Universidade da Flórida e a Universidade da Pensilvânia . Um grupo de evolução de traços foi liderado na Universidade do Tennessee . Um workshop de visualização empregando iPlant foi realizado pela Virginia Tech em 2011.

A NSF exige que os subcontratos de financiamento fiquem dentro dos Estados Unidos, mas a colaboração internacional começou em 2009 com a Universidade Técnica de Munique e a Universidade de Toronto em 2010. East Main Evaluation & Consulting fornece supervisão externa, consultoria e assistência.

Serviços

O projeto iPlant disponibiliza sua ciberinfraestrutura de diversas maneiras e oferece serviços para torná-la acessível ao seu público primário. O projeto foi criado para crescer em resposta às necessidades da comunidade de pesquisa que atende.

O Ambiente de Descoberta

O Discovery Environment integra ferramentas de software recomendadas pela comunidade em um sistema que pode lidar com terabytes de dados usando supercomputadores de alto desempenho para executar essas tarefas com muito mais rapidez. Ele tem uma interface projetada para ocultar a complexidade necessária para fazer isso do usuário final. O objetivo era disponibilizar a ciberinfraestrutura para usuários finais não técnicos que não se sentiam tão à vontade com uma interface de linha de comando .

APIs de base do iPlant

Um conjunto de interfaces de programação de aplicativos (APIs) para desenvolvedores permite o acesso aos serviços iPlant, incluindo autenticação, gerenciamento de dados, recursos de supercomputação de alto desempenho de software personalizado produzido localmente.

Atmosfera

O Atmosphere é uma plataforma de computação em nuvem que fornece acesso fácil a rotinas de análise, algoritmos relevantes e conjuntos de dados pré-configurados e usados ​​com frequência, e acomoda tarefas de bioinformática com uso intensivo de dados e computação. Ele usa a plataforma de virtualização Eucalyptus .

iPlant Semantic Web

O esforço do iPlant Semantic Web usa uma arquitetura, protocolo e plataforma criados pelo iPlant, chamados de Simple Semantic Web Architecture and Protocol ( SSWAP ), para vinculação da web semântica usando uma ontologia focada na ciência de plantas . O SSWAP é baseado na noção de serviços web RESTful com uma ontologia baseada em Web Ontology Language (OWL).

Serviço de resolução de nomes taxonômicos

Captura de tela da ferramenta DNA Subway

O Serviço de resolução de nomes taxonômicos (TNRS) é um utilitário gratuito para corrigir e padronizar nomes de plantas. Isso é necessário porque nomes de plantas com erros ortográficos, desatualizados (porque é preferível um sinônimo mais recente) ou incompletos dificultam o uso de computadores para processar listas grandes.

My-Plant

My-Plant.org é uma comunidade de rede social para biólogos vegetais, educadores e outros se reunirem para compartilhar informações e pesquisas, colaborar e acompanhar os últimos desenvolvimentos na ciência das plantas. A rede My-Plant usa os clados de terminologia para agrupar usuários de maneira semelhante à filogenética das próprias plantas. Ele foi implementado usando o Drupal como seu sistema de gerenciamento de conteúdo .

DNA Subway

O site DNA Subway usa uma interface gráfica de usuário (GUI) para gerar anotações de sequência de DNA , explorar genomas de plantas para membros de famílias de genes e transposons e conduzir análises filogenéticas . Ele disponibiliza análises de DNA de alto nível para professores e alunos, simplificando os fluxos de trabalho de anotação e genômica comparativa. Foi desenvolvido para iPlant pelo Dolan DNA Learning Center .

Referências

links externos