ASX motivo - Asx motif

O motivo Asx é uma característica que ocorrem vulgarmente em proteínas e polipéptidos . É constituída por quatro ou cinco amino ácidos resíduos com qualquer aspartato ou asparagina como o primeiro resíduo (resíduo i). Ela é definida por dois internos ligações de hidrogénio . Uma é entre o oxigénio de cadeia lateral de resuo i e a cadeia principal NH do resíduo i + 2 ou i + 3; o outro é entre o oxigio da cadeia principal do resuo i e a cadeia principal NH do resíduo i + i + 3 ou 4. Motivos Asx ocorrem vulgarmente em proteínas e polipéptidos.

Motif ASX. A imagem mostra um pentapeptídeo com um terminal de N- aspartato que forma duas pontes de hidrogénio com os aminoácidos à frente do mesmo. Excepto para o aspartato, átomos da cadeia principal são apenas mostradas. Os átomos de hidrogénio são omitidos. Carbonos cinza, oxigênios azul vermelho e nitrogênios. A cadeia principal - ligao cadeia principal de hidrogénio é a vermelho e a cadeia lateral - principal ligação da cadeia de hidrogénio (o qual também forma uma vez Asx ) é cinzento pontilhada.

Quando uma das ligações de hidrogénio é entre o oxigio da cadeia principal do resuo i e a cadeia lateral NH do resíduo i + 3, o motivo incorpora uma vez beta . Quando uma das ligações de hidrogénio é entre o oxigénio de cadeia lateral de resuo i e a cadeia principal NH do resíduo i + 2, o motivo incorpora uma vez Asx .

Tal como acontece com Asx transforma , uma proporção significativa de motivos Asx ocorrer no N-terminal de uma hélice alfa com o Asx como o tampão N resíduo. Motivos ASX, assim, muitas vezes descrito como características hélice nivelamento.

Um motivo relacionado é o motivo ST que tem serina ou treonina como o primeiro resíduo.

Referências

  1. ^ Wan, WY; Milner-White EJ (1999). "Um agrupamento natural dos motivos com um aspartato ou asparagina formando duas ligações de hidrogénio com os aminoácidos à frente na sequência". Journal of Molecular Biology . 286 : 1633-1649. doi : 10,1006 / jmbi.1999.2552 . PMID  10064720 .
  2. ^ Lee, J; Dubey VK (2008). "A lógica ou redundância dentro da ASX-pro-ASX-gly tipo I beta turn motivo". Journal of Molecular Biology . 377 (4): 1.251-1.264. doi : 10.1016 / j.jmb.2008.01.055 .
  3. ^ Presta, LG; Rose GD (1988). "Helix Caps". Ciência . 240 (4859): 1632-1641. doi : 10.1126 / science.2837824 . PMID  2837824 .
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  5. ^ Aurora, R; Rose GD (1998). "Helix Capping" . Ciência proteína . 7 (1): 21-38. doi : 10.1002 / pro.5560070103 . PMC  2.143.812 . PMID  9514257 .
  6. ^ Gunasekaran, K; Nagarajam HA (1998). "Sinais de pontuação Sterochemical na estrutura da proteína". Journal of Molecular Biology . 275 (5): 917-932. doi : 10,1006 / jmbi.1997.1505 . PMID  9480777 .

links externos

  • Proteínas motivados: [1]
  • PDBeMotif [2] .
  • ^ Líder, DP; Milner-White EJ (2009). "Proteínas motivado: Uma aplicação web para o estudo de pequenos motivos de proteína em três dimensões comuns" . BMC Bioinformatics . 10 (1): 60. doi : 10.1186 / 1471-2105-10-60 . PMC  2.651.126 . PMID  19210785 .
  • ^ Golovin, A; Henrick K (2008). "MSDmotif: explorar os locais de proteína e motivos" . BMC Bioinformatics . 9 (1): 312. doi : 10.1186 / 1471-2105-9-312 . PMC  2.491.636 . PMID  18637174 .