O Campeonato Pan-helênico de 1938-39 foi a décima temporada da maior liga de futebol da Grécia. Participaram 14 equipas, pela primeira vez tantas e pela primeira vez da província. Realizou-se em dois grupos, Grupo Sul com 8 e Grupo Norte com 6 equipas, que se classificaram desde os campeonatos das associações locais. O Grupo Sul foi formado pelo clube das associações de Atenas e Pireu e resultou da seguinte forma:
Campeonato Ateniense : As 5 primeiras equipes do ranking.
Campeonato do Pireu : As 3 primeiras equipes do ranking.
O Grupo do Norte foi formado por clubes da Federação da Macedônia e da Macedônia Oriental e resultou da seguinte forma:
Campeonato da Macedônia : As 3 primeiras equipes do ranking.
Campeonato da Macedônia Oriental : As 3 primeiras equipes do ranking.
Foi a primeira vez que equipes fora da Grécia Central e Salónica participaram do campeonato nacional. Os campeões dos dois grupos, AEK Atenas (devido ao melhor rácio de golos que o Olympiacos ) e Iraklis , disputaram uma final a 2 mãos pelo título de campeão. O campeão foi o AEK Atenas, que se classificou para o campeonato nacional como vice-campeão do Panathenian, com a então estrela em ascensão, Kleanthis Maropoulos .
Para a conclusão do campeonato, uma vez que são necessárias 26 jornadas, ficou decidido que as equipas que se classificaram para o campeonato nacional não voltarão a competir, mas sim transferirão entre si os resultados dos campeonatos locais. A partir deste período, o HFF estabeleceu um sistema de pontuação de 3-2-1 em todas as competições, de forma que houvesse a possibilidade de zerar qualquer equipe que se recusasse a participar de uma partida. Este sistema foi válido até a temporada 1972-1973.
Kostas Vasiliou