Subunidade ribossômica pequena eucariótica (40S) - Eukaryotic small ribosomal subunit (40S)
A subunidade ribossômica pequena eucariótica ( 40S ) é a subunidade menor dos ribossomos 80S eucarióticos , com o outro componente principal sendo a subunidade ribossômica grande (60S) . Os nomes "40S" e "60S" originam-se da convenção de que as partículas ribossômicas são denotadas de acordo com seus coeficientes de sedimentação em unidades de Svedberg . É estrutural e funcionalmente relacionado à subunidade 30S dos ribossomos procarióticos 70S . No entanto, a subunidade 40S é muito maior do que a subunidade 30S procariótica e contém muitos segmentos de proteína adicionais, bem como segmentos de expansão de rRNA.
Função
A subunidade 40S contém o centro de decodificação que monitora a complementaridade de tRNA e mRNA na tradução de proteínas. É o maior componente de vários complexos de iniciação de tradução, incluindo os complexos de pré-iniciação 43S e 48S (PICs), sendo vinculado por vários fatores de iniciação eucarióticos , incluindo eIF1 , eIF1A e eIF3 . A subunidade ribossômica 40S também é fortemente ligada pelo HCV IRES para formar um complexo binário mediado por interações proteína-mRNA e rRNA-mRNA. Mais informações podem ser encontradas nos artigos sobre o ribossomo , o ribossomo eucariótico (80S) e o artigo sobre tradução de proteínas .
Estrutura geral
A forma da pequena subunidade pode ser subdividida em dois grandes segmentos, a cabeça e o corpo. As características do corpo incluem os pés esquerdo e direito, o ombro e a plataforma. A cabeça apresenta uma protuberância pontiaguda que lembra o bico de um pássaro. O mRNA liga-se na fenda entre a cabeça e o corpo, e existem três locais de ligação para o tRNA , o local A, o local P e o local E (consulte o artigo sobre tradução de proteínas para obter detalhes). O núcleo da subunidade 40S é formado pelo RNA ribossômico 18S (abreviado 18S rRNA), que é homólogo ao rRNA 16S procariótico . Este núcleo de rRNA é decorado com dezenas de proteínas. Na figura "Estrutura Cristal da Subunidade Ribossômica 40S Eucariótica de T. thermophila ", o núcleo do RNA ribossômico é representado como um tubo cinza e os segmentos de expansão são mostrados em vermelho. Proteínas que possuem homólogos em eucariotos, arquéias e bactérias são mostradas como fitas azuis. Proteínas compartilhadas apenas entre eucariotos e arquéias são mostradas como fitas laranja e proteínas específicas para eucariotos são mostradas como fitas vermelhas.
Proteínas ribossomais 40S
A tabela "Proteínas ribossômicas 40S" mostra as dobras individuais da proteína da subunidade 40S colorida por conservação. Proteínas que possuem homólogos em eucariotos, arquéias e bactérias (EAB) são mostradas como fitas azuis. Proteínas compartilhadas apenas entre eucariotos e arquéias (EA) são mostradas como fitas laranja e proteínas específicas para eucariotos (E) são mostradas como fitas vermelhas. Extensões específicas de eucariotos de proteínas conservadas, variando de alguns resíduos ou loops a hélices alfa muito longas e domínios adicionais, são destacadas em vermelho. Para obter detalhes, consulte o artigo sobre o ribossomo eucariótico . Historicamente, diferentes nomenclaturas têm sido usadas para proteínas ribossomais. Por exemplo, as proteínas foram numeradas de acordo com suas propriedades de migração em experimentos de eletroforese em gel. Portanto, nomes diferentes podem se referir a proteínas homólogas de organismos diferentes, enquanto nomes idênticos não denotam necessariamente proteínas homólogas. A tabela "proteínas ribossômicas 40S" faz referência cruzada aos nomes das proteínas ribossômicas humanas com homólogos de leveduras, bactérias e arquea. Mais informações podem ser encontradas no banco de dados de genes de proteínas ribossômicas (RPG) .
| Estrutura (eucariótica) | H. sapiens | Nome universal | Conservação | S. cerevisiae | Homólogo bacteriano ( E. coli ) | Archaeal homólogo |
|---|---|---|---|---|---|---|
| RPSA | US2 | EAB | S0 | S2p | S2 | |
| RPS2 | US5 | EAB | S2 | S5p | S5p | |
| RPS3 | US3 | EAB | S3 | S3p | S3p | |
| RPS3A | eS1 | EA | S1 | n / D | S3Ae | |
| RPS4 ( RPS4X , RPS4Y1 , RPS4Y2 ) | eS4 | EA | S4 | n / D | S4e | |
| RPS5 | US7 | EAB | S5 | S7p | S5p | |
| RPS6 | eS6 | EA | S6 | n / D | S6e | |
| RPS7 | eS7 | E | S7 | n / D | n / D | |
| RPS8 | eS8 | EA | S8 | n / D | S8e | |
| RPS9 | US4 | EAB | S9 | S4p | S4p | |
| RPS10 | eS10 | E | S10 | n / D | n / D | |
| RPS11 | US17 | EAB | S11 | S17p | S17p | |
| RPS12 | eS12 | E | S12 | n / D | n / D | |
| RPS13 | US15 | EAB | S13 | S15p | S15p | |
| RPS14 | US11 | EAB | S14 | S11p | S11p | |
| RPS15 | US19 | EAB | S15 | S19p | S19p | |
| RPS15A | US8 | EAB | S22 | S8p | S8p | |
| RPS16 | US9 | EAB | S16 | S9p | S9p | |
| RPS17 | eS17 | EA | S17 | n / D | S17e | |
| RPS18 | US13 | EAB | S18 | S13p | S13p | |
| RPS19 | eS19 | EA | S19 | n / D | S19e | |
| RPS20 | US10 | EAB | S20 | S10p | S10p | |
| RPS21 | eS21 | E | S21 | n / D | n / D | |
| RPS23 | US12 | EAB | S23 | S12p | S12p | |
| RPS24 | eS24 | EA | S24 | n / D | S24e | |
| RPS25 | eS25 | EA | S25 | n / D | S25e | |
| RPS26 | eS26 | EA | S26 | n / D | S26e | |
| RPS27 | eS27 | EA | S27 | n / D | S27e | |
| RPS27A | eS31 | EA | S31 | n / D | S27ae | |
| RPS28 | eS28 | EA | S28 | n / D | S28e | |
| RPS29 | US14 | EAB | S29 | S14p | S14p | |
| RPS30 | eS30 | EA | S30 | n / D | S30e | |
| RACK1 | RACK1 | E | Asc1 | n / D | n / D |
