Elemento SECIS - SECIS element
| Sequência de inserção de selenocisteína 1 | |
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 Estrutura secundária prevista e conservação de sequência de SECIS_1. As letras correspondem ao sistema de notação IUPAC para nucleotídeos.
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| Identificadores | |
| Símbolo | SECIS_1 |
| Alt. Símbolos | SECIS |
| Rfam | RF00031 |
| Outros dados | |
| Tipo de RNA | Cis-reg |
| Domínio (s) | Eukaryota |
| IR | 0001514 |
| TÃO | 1001274 |
| Estruturas PDB | PDBe |
Em biologia , o elemento SECIS (SECIS: SE leno c ysteine i nsertion s equence ) é um elemento de ARN de cerca de 60 nucleótidos de comprimento, que adopta uma estrutura haste-laçada estrutura. Este motivo estrutural (padrão de nucleotídeos) direciona a célula para traduzir códons UGA como selenocisteínas (UGA é normalmente um códon de parada ). Os elementos SECIS são, portanto, um aspecto fundamental dos RNAs mensageiros que codificam selenoproteínas , proteínas que incluem um ou mais resíduos de selenocisteína .
Nas bactérias, o elemento SECIS aparece logo após o códon UGA que ele afeta. Em arquéias e eucariotos , ocorre na 3 'UTR de um mRNA e pode fazer com que vários códons UGA dentro do mRNA codifiquem a selenocisteína. Um elemento SECIS arquea, em Methanococcus , está localizado na 5 'UTR .
O elemento SECIS aparece definido por características de sequência, ou seja, nucleotídeos particulares tendem a estar em posições particulares nele, e uma estrutura secundária característica . A estrutura secundária é o resultado do emparelhamento de nucleotídeos de RNA complementares e causa uma estrutura semelhante a um grampo de cabelo. O elemento SECIS eucariótico inclui pares de bases AG não canônicos , que são incomuns na natureza, mas são extremamente importantes para a função correta do elemento SECIS. Embora os elementos SECIS eucarióticos, arqueanos e bacterianos compartilhem uma estrutura geral em gancho, eles não são alinhaveis, por exemplo, um esquema baseado em alinhamento para reconhecer elementos SECIS eucarióticos não será capaz de reconhecer os elementos SECIS arqueados. No entanto, em Lokiarcheota , SECIS elementos são mais semelhantes aos elementos eucarióticas.
Em bioinformática , vários programas de computador foram criados para pesquisar por elementos SECIS dentro de uma sequência do genoma , com base na sequência e nas características da estrutura secundária dos elementos SECIS. Esses programas têm sido usados em pesquisas de novas selenoproteínas.
Distribuição de espécies
O elemento SECIS é encontrado em uma ampla variedade de organismos de todos os três domínios da vida (incluindo seus vírus).