Banco de dados comparativo de toxicogenômica - Comparative Toxicogenomics Database
| Desenvolvedor (s) | Departamento de Ciências Biológicas da North Carolina State University e do Departamento de Bioinformática do MDI Biological Laboratory |
|---|---|
| lançamento inicial | 12 de novembro de 2004 |
| Disponível em | inglês |
| Modelo | Bioinformática , análise de dados |
| Local na rede Internet | ctdbase |
O Comparative Toxicogenomics Database ( CTD ) é um site público e uma ferramenta de pesquisa lançada em novembro de 2004 que seleciona dados científicos que descrevem as relações entre produtos químicos / drogas, genes / proteínas, doenças, táxons, fenótipos, anotações GO, vias e módulos de interação. O banco de dados é mantido pelo Departamento de Ciências Biológicas da North Carolina State University .
Fundo
O Comparative Toxicogenomics Database (CTD) é um site público e ferramenta de pesquisa que seleciona dados científicos que descrevem as relações entre produtos químicos, genes / proteínas, doenças, táxons, fenótipos, anotações GO, vias e módulos de interação, lançado em 12 de novembro de 2004. O O banco de dados é mantido pelo Departamento de Ciências Biológicas da Universidade Estadual da Carolina do Norte.
Metas e objetivos
Um dos principais objetivos do CTD é avançar na compreensão dos efeitos dos produtos químicos ambientais na saúde humana em nível genético, um campo chamado toxicogenômica .
A etiologia de muitas doenças crônicas envolve interações entre fatores ambientais e genes que modulam processos fisiológicos importantes. Os produtos químicos são um componente importante do meio ambiente. Condições como asma , câncer, diabetes , hipertensão , imunodeficiência e doença de Parkinson são conhecidas por serem influenciadas pelo meio ambiente; no entanto, os mecanismos moleculares subjacentes a essas correlações não são bem compreendidos. O CTD pode ajudar a resolver esses mecanismos. A extensa lista mais atualizada de artigos científicos revisados por pares sobre CTD está disponível em sua página de publicações
Dados principais
CTD é um recurso exclusivo onde os biocuradores leem a literatura científica e selecionam manualmente quatro tipos de dados básicos:
- Interações químico-gene
- Associações de doenças químicas
- Associações gene-doença
- Associações químico-fenótipo
Integração de dados
Ao integrar os quatro conjuntos de dados acima, o CTD constrói automaticamente redes de doenças do fenótipo do gene químico putativas para iluminar os mecanismos moleculares subjacentes às doenças influenciadas pelo ambiente.
Essas relações inferidas são pontuadas e classificadas estatisticamente e podem ser usadas por cientistas e biólogos computacionais para gerar e verificar hipóteses testáveis sobre os mecanismos toxicogenômicos e como eles se relacionam com a saúde humana.
Os usuários podem pesquisar CTD para explorar dados científicos para produtos químicos, genes, doenças ou interações entre qualquer um desses três conceitos. Atualmente, o CTD integra dados toxicogenômicos para vertebrados e invertebrados.
O CTD integra dados ou hiperlinks para esses bancos de dados:
- ChemIDplus, um dicionário com mais de 400.000 produtos químicos armazenados na Biblioteca Nacional de Medicina dos Estados Unidos
- DrugBank
- Projeto de Infraestrutura de Dados para Segurança Química (diXa) Data Warehouse do Instituto Europeu de Bioinformática que, em novembro de 2015, continha 469 compostos, 188 conjuntos de dados de doenças em três subcategorias de doenças hepáticas, renais e cardiovasculares.
- Gene Ontology Consortium
- KEGG
- NCBI Entrez-Gene
- NCBI PubMed
- Taxonomia NCBI
- NLM Medical Subject Headings
- OMIM
- Reactome